Hola Maria:
1- Sobre si es seguro o no, supongo que como siempre, depende de por donde te muevas y como lo hagas, este año hemos estado en México DF que "es muy peligroso" y no hemos tenido problema alguno de ningún tipo.
Nosotros desde guayaquil viajamos a montañita en un bus sin problema, pero tengo que decir que no vimos guayaquil, sino que bajamos de un bus, esperamos en la estación y subimos a otro.

2- Para 18 dias si solo quieres conocer la zona de las playas y galápagos creo que te sobra tiempo.

3- A galápagos se suele ir en avión, de mochilero no se puede ir ya que es una reserva y hay que ir de hotel y creo que con guia, vamos que está muy limitado, eso te va a tocar mirarlo en agencias. De todas formas hay mucha info de galapagos en internet (nosotros no lo visitamos)

4- sobre el tiempo no te puedo decir, nosotros estuvimos en mayo en la selva y nos metiamos al rio sin problema, vamos que frio no hace. En la playa estuvimos dos dias y nos bañamos sin problema.

Buen viaje.
Un saludo